徐钛一号超声仪原型机-DNA打断测试
一、实验基本信息
• 日期：2025年9月25日
• 实验设备：徐钛一号超声仪原型机，实验目的是DNA打断（将长链DNA切割为短片段，常用于二代测序建库前处理）。
二、实验材料与初始处理
• 原样：4个基因组DNA样本，初始DNA浓度为10 - 30ng/μL，原始体积为30-60μL不等；
• 稀释：加入1×TE缓冲液（DNA保存常用缓冲液）稀释至100μL/管，统一反应体系。
三、超声打断条件（核心参数）
超声仪的关键参数为：
振幅50%；
循环时间设置超声15秒/暂停15秒；
每轮总时间设置1200s；
预冷4摄氏度开启超声程序
每一轮超声程序设置总时间1200s
四、样本信息
4个样本（①345、②342、③366、④351）的信息，包括：
• 初始浓度：
①号15.1ng/μL、
②号13.9ng/μL、
③号29.2ng/μL、
④号25.2ng/μL；
• 原体积与TE添加量：
如①号“原体积30μL + 70μL TE”（稀释到100μL）；
如①号“原体积30μL + 70μL TE”（稀释到100μL）；
如①号“原体积60μL + 30μL TE”（稀释到100μL）；
如①号“原体积60μL + 30μL TE”（稀释到100μL）；
• 新浓度：①号②号均为约5.0ng/μL
③号④号均为约15.0ng/μL
• 样品管：①号②号均为Diagenode品牌原厂管，货号：C30010011
③号④号均为约Axygen品牌进口管，货号：MCT-060-L-C
注：Diagenode品牌原厂管管盖略低导致会有晃荡，管身短导致管底高约1mm。
实验通过多轮超声取样做时间梯度测试，观察DNA打断效果：
• 一轮：1200秒（超声10分钟），结束后各取5μL样本编号1、2、3、4
• 二轮：1200秒（超声20分钟），结束后取5μL样本****编号5、6、7、8
• 三轮：1200秒（超声30分钟），结束后取5μL样本****编号9、10、11、12
超声打断结束后，编号1-12样品管做毛细管DNA片段分析。
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详细检测报告可在“技术服务**-下载文件”中查看下载对应标题PDF****文件**
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五、实验结论
超声30分钟时，DNA片段长度可被打断至<200bp
通过控制超声时间做梯度试验（10/20/30分钟），结合片段检测，确定“30分钟超声时间”能将DNA打断至200bp的峰值片段，同时记录了样本初始信息、操作细节和潜在问题（离心、管架设计），为后续实验优化提供依据。
Diagenode品牌原厂管与Axygen品牌进口离心管的差异不明显，实验设计方案有误，导致低浓度的两个样品全用了Diagenode品牌原厂管，更加不好判断，总的来分析，Axygen品牌进口离心管可作为完美替代，已经明确得到了验证。