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Bioruptor Pico与国产原型机P60超声打断基因组DNA对比试验

该实验记录围绕Bioruptor Pico与国产原型机P60超声打断基因组DNA对比试验,展示超声打断条件、样品处理和片段检测结果,为DNA片段化参数优化提供参考。

测试内容:Bioruptor Pico与国产原型机P60超声打断基因组DNA对比试验

日期:2025.5.7

四个样品信息

● 093:182(加200μL);浓度约为1/3即:6.1;Pico:100μL ①;P60:100μL ⑤

● 185:25.2(加200μL);浓度约为1/3即:8.4;Pico:100μL ②;P60:100μL ⑥

● 214:48.6(加200μL);浓度约为1/3即:16.2;Pico:100μL ③;P60:100μL ⑦

● 333:34.6(加200μL);浓度约为1/3即:11.5;Pico:100μL ④;P60:100μL ⑧

注:四个样品原液体积均为100ul,加200ul 1✖TE,浓度即原浓度的1/3。

试验说明

● 共四管:15/30循环各两样品进行测试。

● 093和185进行15个循环,214和333进行30个循环。

● 预期打断片段大小:200bp/150bp。

● 每5个循环取出样品管离心,管架空孔用空白对照样品管补齐。

打断条件

● Bioruptor pico无法调振幅;国产原型机振幅60%所以有时候用P60代指国产原型机

● 30/30s 15cycle ①②⑤⑥

● 30/30s -30cycle ③④⑦⑧

● 取20μL送样做检测(电泳)编号分别加10即对应⑪⑫⑬⑭和⑮⑯⑰⑱

● 其余留样待进一步处理

结果分析

Bioruptor pico发挥正常,30/30s 15cycle在200bp的峰值,30/30s 30cycle在150bp的峰值

国产原型机打断效果不理想,30/30s 15cycle在700bp的峰值,30/30s 30cycle在500bp的峰值

后续探讨最可能的原因是:管底距离超声头太远,超声能量没有集中到样品上导致的!